NĂm 1994 và 1995, một số người từ các quốc gia khác nhau đã cố gắng đăng ký tên "Linux" làm nhãn hiệu. Do đó, các yêu cầu thanh toán tiền bản quyền đã được phát hành cho một số công ty Linux, một bước mà nhiều nhà phát triển và người dùng Linux không đồng ý. Linus Torvalds đã kiểm soát các công ty này với sự giúp đỡ của Linux International và được cấp nhãn hiệu cho cái tên mà anh ta đã chuyển cho Linux International. Việc bảo vệ nhãn hiệu sau đó được quản lý bởi một nền tảng chuyên dụng, tổ chức phi lợi nhuận Linux Mark Institute. Năm 2000, Linus Torvalds đã chỉ định các quy tắc cơ bản cho việc chuyển nhượng giấy phép. Điều này có nghĩa là bất kỳ ai cung cấp sản phẩm hoặc dịch vụ có tên Linux đều phải có giấy phép cho sản phẩm đó, có thể có được thông qua giao dịch mua duy nhất.

Tháng 6 năm 2005, một cuộc tranh cãi mới đã phát sinh về việc sử dụng tiền bản quyền được tạo ra từ việc sử dụng nhãn hiệu Linux. Linux Mark Institute, đại diện cho quyền của Linus Torvalds đã tuyên bố tăng giá từ 500 đến 5.000USD cho việc sử dụng tên này. Bước này được chứng minh là cần thiết để trang trải chi phí gia tăng của bảo vệ nhãn hiệu.

Để đáp ứng với sự gia tăng này, cộng đồng trở nên khó chịu, đó là lý do Linus Torvalds đưa ra thông báo vào ngày 21 tháng 8 năm 2005, để xóa tan những hiểu lầm. Trong một e-mail, ông đã mô tả chi tiết tình hình hiện tại cũng như bối cảnh cụ thể và cũng giải quyết câu hỏi ai phải trả chi phí giấy phép:

[...] và cần lặp lại: ai đó không muốn bảo vệ tên đó sẽ không bao giờ làm điều này. Bạn có thể gọi bất cứ thứ gì là "MyLinux", nhưng nhược điểm là bạn có thể có người khác tự bảo vệ mình và gửi cho bạn một lá thư ngừng hoạt động. Hoặc, nếu tên kết thúc hiển thị trong tìm kiếm nhãn hiệu mà LMI cần phải thực hiện một lần chỉ để bảo vệ nhãn hiệu (một yêu cầu pháp lý khác đối với nhãn hiệu), chính), LMI có thể phải gửi cho bạn lệnh ngừng hoạt động- hoặc cấp phép cho nó.

Khi đó, bạn có thể đổi tên nó thành một cái gì đó khác, hoặc bạn cấp phép lại cho nó. Xem nào? Nó nói về tất cả về việc bạn có cần sự bảo vệ hay không, không phải về việc LMI có muốn kiếm tiền hay không.

[...] Cuối cùng, chỉ cần làm rõ: không chỉ tôi không nhận được một xu tiền nhãn hiệu, mà ngay cả LMI (người thực sự quản lý nhãn hiệu) cho đến nay trong lịch sử luôn mất tiền. Đó không phải là một cách để duy trì nhãn hiệu, vì vậy, họ đã cố gắng ít nhất là tự cung tự cấp, nhưng cho đến nay tôi có thể nói rằng phí luật sư để bảo vệ rằng các công ty thương mại muốn cao hơn phí giấy phép. Ngay cả các luật sư chuyên nghiệp cũng tính phí cho thời gian của chi phí và tiền trợ cấp của họ, vv

— Linus Torvalds[49]

Linux Mark Institute đã bắt đầu cung cấp một bản quyền miễn phí vĩnh viễn trên toàn thế giới.[50]